任期満了に伴う日本医師会会長選挙が４月１日午前、東京都の日本医師会館で行われ、茨城県医師会長の原中勝征氏が初当選した。任期は2012年３月末まで２年間。代議員356人の投票の結果、得票数は原中氏が131票、京都府医師会長の森洋一氏が118票、現日医会長の唐澤祥人氏が107票、京都府医師会所属の金丸昌弘氏が０票――だった。

原中氏は当初、４割を超す支持を集めていたとされるが、最終的には37％の得票率となった。原中氏は09年夏の衆院選で民主党を支持、同党との太いパイプを持ち、政権交代の立役者の１人とされた。

会長選挙に続いて行われた副会長選挙（定員３人）では、現唐澤執行部常任理事の中川俊男氏（北海道、得票数＝以下同、174票）、福岡県医師会長の横倉義武氏（福岡、173票）、現唐澤執行部常任理事の羽生田俊氏（群馬、165票）――が当選した。

中川氏と横倉氏は、会長選で落選した森、唐澤両氏が推進した副会長候補。羽生田氏はどの陣営からも推薦を受けず出馬していた。副会長選挙では、原中新会長の推薦候補者が全員落選する一方で、会長選落選者が推薦した候補が２人当選した形で、原中新執行部の会務運営に不透明感を残す結果となった。