試験研究費の税額控除制度を盛り込んだ政府与党の「03年税制改正大綱」に対し日本製薬工業協会（製薬協）は12月13日、「研究開発に対する投資が産業の生命線である製薬産業の要望に応えるもので、高く評価する」とのコメントを発表した。与党３党が同日とりまとめた大綱では法人税について、研究開発費総額に対する税額の控除を認めることとし、とくに、研究費の売上高に占める割合が高いほど控除率も高くなるよう設定した。また、産学連携の共同・委託研究についても、基礎的、創造的研究促進の観点から一定率の税額控除制度導入を掲げた。製薬協は従来から、欧米などの研究開発促進税制に遅れをとらないよう、現状の「増加試験研究費の税額控除制度」に代わる新たな税額控除制度創設を訴えていた。