政府は12月19日午後、診療報酬本体を3.09％引き上げる方向を固めたが、その内訳が明らかになった。内訳は、賃上げ対応1.70％、物価対応0.76％、光熱水費（食費含む）0.09％、その他過去の物価対応0.44％、政策改定0.25％、適正化がマイナス0.15％。賃金・物価高で診療所を含む医療機関経営が厳しさを増す中で、厚労省は３％代前半のプラス改定を主張。財務省は適正化の必要性を訴え、１％台の引上げを訴えていた。12月19日午後、高市首相が首相官邸で上野賢一郎厚労相と片山さつき財務相と面談し、最終的に診療報酬の改定率を決定した。

賃金・物価高が医療現場に深刻な影響を及ぼす中で、日本医師会ら医療関係団体は大幅なプラス改定の必要性を強調。2025年度補正予算の決定に際し、高市首相は「賃上げに取り組む医療機関で働く従事者に対し、プラス３％の半年分の賃上げ」を行うことを明言していた。

医療費だけで１兆円規模の補正予算が組まれたが、日本医師会は「補正予算の土台を発射台として、更なる物価高騰・賃上げ対策が不可欠だ」と訴えていた。また、賃金・物価をめぐっては、今後の上昇傾向も見込まれることから、原則２年に１回の診療報酬改定では、今後２年間に予測される物価高騰や賃上げを踏まえた必要性を強調。「次の２年間をしっかり支援いただけるような高さを持った改定率をお願いしたい」と強調していた。人事院勧告で3.62%の引上げがなされるなかで、厚労省は財務省との調整に際し、当初本体改定率「５％」を求めていた。

一方、財務省は病院経営の厳しさは認めたうえで、「高度急性期・急性期を中心とする病院分と、診療所分や調剤報酬のメリハリ付けを図る」ことが必要と主張。適正化・効率化を行うことで、本体プラス「１％」と主張するなど、平行線をたどってきた。