舛添要一厚労相は８月19日午前、省内で緊急会見を行い、「新型インフルエンザ（H1N1）の本格的な流行が始まった」と発表した。学校が夏休み中にもかかわらず感染者が増えており、９月の学校再開以降「感染が急激に拡大する危険性がある」と指摘し、医療機関の負担増と重症患者への対応に支障が出ることを懸念。厚労省としても予防接種体制を整備し感染拡大ピークを遅らせたり、医療体制支援をする姿勢を強調した。一方、国民にも感染予防の徹底を呼びかけた。全国でも突出して報告患者数が多い沖縄県は同日、「流行警報」を発令した。

国立感染症研究所は18日、全国の定点観測医療機関の１機関あたり患者報告数が0.99（８月３日～９日集計分）と、「流行期」と判断される「１」に近づいたことを示した。また、例年学校の夏休み期間中に減少するはずのインフルエンザの報告が今年は増加し続け、その報告の大半は「新型インフルエンザと考えられる」と分析した。これらから厚労省は、本格的流行が始まった可能性があると判断した。

新型インフルエンザではすでに３人が死亡。最初は15日に沖縄県の50代男性で、18日に神戸市の70代男性、19日には名古屋市の80代女性と続いた。いずれも重症化しやすい呼吸器疾患など基礎疾患を持っている患者だった。同省は、リスクの高いこれら患者や乳幼児の家族に情報提供を行い、医療機関にも重症症例集の配布を行うとした。

同省によると、12～18日の１週間で入院した患者は86人で、うち基礎疾患を持つ患者は36人に上る。しかし、沖縄県の発表によると、３人の子どもが人工呼吸器による管理が必要な重症化し、13歳と11歳の女児は基礎疾患がないケース。発生要因は不明という。同県は、定点あたり患者報告数が全国平均の30倍の29.60人に上り、19日午後「流行警報」を発令した。

ウイルスの病原性の変化について舛添厚労相は午前の緊急会見では、「変化の可能性のある旨の報告は受けていない」としている。