11月13日に開催された中医協・基本問題小委員会では、11日に開かれた政府の行政刷新会議のワーキンググループ（WG）の事業仕分けの結論を巡り、委員から多くの意見が挙がった。会議の冒頭、厚労省が事業仕分けの俎上に上がった「診療報酬の配分（勤務医対策等）」のとりまとめを報告。それに対し、委員からは中医協としての声明を出すか否かの意見が相次いだ。

口火を切ったのは診療側の嘉山孝正委員（山形大学医学部長）。WGの結論が最終的なものではないため、静観する構えをみせた遠藤久夫部会長（学習院大学経済学部教授）に対し、「（WGは）中医協の議論を全く無視している」と否定的な立場を表明し、中医協として慎重な議論を希望する声明を出してほしいと主張した。

この意見に診療側、支払側の双方から賛成の意見が相次いだ。診療側では安達秀樹委員（京都府医師会副会長）が「個々の診療科の技術をどう評価するのかが診療報酬の点数設定であり、伸びたから下げるのはあまりに乱暴」、鈴木邦彦委員（茨城県医師会理事）も「あらかも人民裁判でも見ているような感じがして、怖い気がした」と批判的な意見が相次いだ。また、西澤寛俊委員（全日本病院協会会長）は、膨大な資料をもとに時間をかけて議論している中医協の現状を踏まえ、「そういうところを尊重してもらわないと、わたしたちも何のために集まって議論しているのかわからない」と主張した。支払側も白川修二委員（健康保険組合連合会常務理事）が「仕分けチームがどのような法律の枠で、あのような意見を出すのか理解できない」との意見を表明し、嘉山委員の意見に賛意を示した。

一方、支払側の委員からは慎重な意見も出された。北村光一委員（日本経団連社会保障委員会医療改革部会部会長代理）は「中医協では冷静に議論を見守り、決まったら議論したらどうか」と提案。勝村久司委員（日本労働組合総連合会「患者本位の医療を確立する連絡会」委員）も「きちんとした議論をするなら資料を出して、やっていく手続きをしてほしい」とした。

遠藤部会長は「中医協の意思決定は全会一致がルール」であるため見守ることとしたが、嘉山委員が「（静観すべきと）そういう意見を言った方は責任を取ってほしい」と発言したことで議論が紛糾した。白川委員は「中医協はそれぞれの立場はあるが、委員が自由に意見を発言できる場。意見と合わないからといって、責任をとれという言葉は個人の意見を無視することになる。わたしは嘉山委員と（声明を出すべきとの）意見は同じだが、反対の人もいる。その人格を無視するというのは非常に失礼」と批判した。嘉山委員は「政策は一度決まってしまうと、変えるのは非常に困難。心のなかで責任を感じてくださいということ。人格を無視した発言ではないので、誤解しないでいただきたい」と釈明した。

行政刷新会議のWGでは、診療報酬の配分において、皮膚科や整形外科などの収入が高い診療科の見直しと開業医と勤務医の平準化を見直しの対象とすることとしていた。WGの結論は今後、同会議の本会議で最終的な結論をまとめることとしている。