高市早苗首相は11月5日の衆院本会議での代表質問で、薬価改定について「市場実勢価格を適時適切に反映して、国民負担を抑制することが重要であると同時に、近年指摘されている革新的な新薬の開発力強化や、暮らしに不可欠な薬の安定供給の確保などの要請にも応えていく必要がある」と強調した。その上で、中間年改定を含めた薬価改定のあり方については、「骨太方針2025を踏まえ、創薬イノベーションの推進、医薬品の安定供給の確保、国民負担の軽減といった要請について適切に対応していく」と述べた。玉木雄一郎氏（国民）への答弁。

代表質問で玉木氏は、「医療費削減を薬価引き下げに依存していることで薬不足やイノベーションの阻害、ドラッグ・ロスなどの弊害につながっている」と主張。中間年改定の根拠となっている2016年末の４大臣合意の見直しを求め、「名目GDP成長率が医療費の伸び率を大きく上回っていることを踏まえた新たな財政フレームに移行すべきだ。薬価制度の見直しこそ、新たな経済政策への転換の象徴になる」と迫った。

この日の高市首相の答弁は、骨太方針2025の考え方を踏襲したものとなっている。なお、石破茂前政権下で6月に閣議決定した「基本方針2025」では、薬価制度については「国民負担の軽減と創薬イノベーションを両立する薬価上の適切な評価の実施」などと明記。加えて、注釈で「2024、25年度薬価改定において新薬創出・適応外薬解消等促進加算の対象となる革新的新薬について薬価を基本的に維持したことを念頭に置いた革新的新薬の特許期間中の対応に関する創薬イノベーション推進の観点からの検討等」との記載を盛り込んでいる。